Doujutsus
Doujutsu (瞳術, que literalmente significa "Técnica Ocular") sáo geralmente Kekkei Genkais, ou seja, habilidades herdadas de um membro para o outro de um clã que são parentes de sangue. Esse jutsu encontra-se nos olhos do indivíduo, e que normalmente são alterados quando o Doujutsu é ativado. O Doujutsu ajudam para aumentar o nível de uma técnica ou para oferecer vantagens a mais para o usuário, exemplo: o Byakugan permite o usuário à enxergar através de materiais sólidos e o faluxo de chakra do adversário.
Sharingan
Sharingan (写轮眼; "Olho Copiador Giratório") é um dōjutsu kekkei genkai, que aparece em alguns membros do Clã Uchiha. É um dos Três Grandes Dōjutsu (三大瞳术, San Daidōjutsu), juntamente com o Byakugan e o Rinnegan. O Sharingan é também chamado de "Olho do Céu" (天眼, Tengan), por causa das muitas habilidades que concede ao usuário.
Sharingan Ichi Sohmas
O primeiro estágio do Sharingan, aquele que tem o menor nível de análise. O doujutsu em seu primeiro estágio fornece ao Uchiha um pequeno acréscimo em seu reflexo, possibilita que o shinobi consiga fazer simples análises de movimentos, podendo prever alguns movimentos mais simples. O Gennin consegue utlizar este nível após uma missão rank C ou uma batalha.
Sharingan Nii Sohmas
O segundo estágio do Sharingan. Este permite previsão e antecipação bem mais aprimoradas. Com este nível do doujutsu, bunshins e genjutsus mais fracos já podem ser claramente reconhecidas, isso pelo fato de já possuir uma análise de chakra detalhada. Outra habilidade do Sharingan em seu segundo nível é a de copiar alguns jutsus, sendo que tais não são de ranks elevados.
Sharingan San Sohmas
O terceiro nível do Sharingan. É alcançado apenas por Uchihas experientes. Nesse nível o Uchiha já consegue uma análise bem clara de chakra, podendo assim analisar qualquer técnica adversária e distingui-la do usuário. Reflexo bem apurado, previsão de movimentos perfeita, além de habilidade de reverter e aprimorar genjutsus.
Byakugan
O Byakugan (白眼; Literalmente significa "Olho Branco", que significa "Olho Branco Que Tudo Vê") é o Dōjutsu Kekkei Genkai do Clã Hyūga. É um dos Três Grandes Dōjutsu (三大瞳术, San Dai dōjutsu), juntamente com o Sharingan e o Rinnegan.
Rinnegan
O Rinnegan (輪廻眼; Literalmente significa "Olho Saṃsāra" ou "Olho da Reencarnação") é caracterizado por um padrão de ondulação ao longo dos globos oculares, com uma luz púrpura na íris e esclerótica. Diz-se ser o mais poderoso dos Três Grandes Dōjutsu (三大瞳术, San Dai Dōjutsu). Ele era admirado como sendo capaz de fazer todos os ninjutsu. O titular desses olhos pode dominar completamente todas os elementos básicos da natureza que formam a base de ninjutsu. Foi dito que em tempos em que o mundo estava em desordem, uma pessoa é enviada dos céus para se tornar um "Deus da Criação", que vai acalmar o mundo, ou um "Destruidor", que vai reduzir tudo a nada.